A la fin de la série FMA, Ed avait réussi a ramener le corp de son frere mais al avait perdu le souvenir des années qu'il avait passé avec ed a la recherche de la piere, il ne se souvient pas de leur tentative de ressussiter leur mere.Ed est passé de l'autre coté de la porte et s'est donc retrouver dans notre monde ou il est desormais coincé. edward est agé de 18 ans, il vit en Allemagne apres la seconde guerre mondiale et cherche en moyen de retourner dans son monde grace a la science, il fait la connaissance d'haidelihi .De son coté Al cherche lui aussi de retrouver son frere.
il ne faut pas non plus oublier qu'envy a lui aussi traversé la porte pour retrouver hoheneim. Est ce que ed et al arriveront a se retrouver?c'est la l'histoire du film.